國安局長陳明通，擔任台大國發所所長20多年期間，指導過173位碩博士生，其中就包括桃園市長鄭文燦、前新竹市長林智堅，兩人論文接連被爆出抄襲，陳明通也因此遭到藍綠白三方夾擊，不只一位民進黨立委認為，有必要考量他政務官的去留問題，更有人直言，陳明通應該道歉辭職。

桃園市長鄭文燦(12.3)說：「我願意為了疏失負起責任，也願意致歉。」火速為論文涉及抄襲致歉，與前新竹市長林智堅，接連遭撤銷碩士學位，各界究責指向兩人共同指導教授，國安局長陳明通，英系立委羅致政開第一槍，直言以陳明通政務官身分，有必要考量去留問題。立委(民)許智傑說：「陳明通可以考慮先道歉辭職，教育部應該做一個總檢討，這不只是一個陳明通教授的問題，還有許多教授有類似的問題。」行政院長蘇貞昌說：「相關學術的問題，就由學術機關依相關的程序來處理，每一個人就自己的各種情勢，有自己的判斷我們都尊重。」

但藍白把砲口對向蔡總統，國民黨主席朱立倫，要求蔡總統應為瞎挺道歉，民眾黨主席柯文哲，說得更直接。台北市長柯文哲(12.3)說：「這要檢討的還是老師啦，還有一個學院的機制，就是說同一個老師這麼多學生抄襲，就是老師有問題，要看小英的...這個拖太久了。」

陳明通從民國84年開始，一共指導出173位碩博士，首長級的，除了鄭文燦、林智堅，還有屏東縣長潘孟安，立委有高嘉瑜、邱志偉、沈發惠、以及郭國文，立委(民)郭國文說：「論文的內容其實是公開的訊息，希望這一波論文事件，能夠趕快告一段落，需要被檢驗的，其實不只是民進黨的從政黨員。」選戰之後，論文爭議還是一波接一波，陳明通的去留也成為討論焦點。

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