林耕仁在參選新竹市長時，被檢舉陽明交通大學的碩士論文涉及抄襲。

陽明交大學倫會決議，撤銷他的論文及學位，對於這樣的結果，林耕仁表示尊重並虛心接受。因為學術規範上，認知的不足，在引述資料過程中，未完整標記出處來源，被認定有瑕疵。雖然沒有抄襲的動機，但也必須為客觀上的學術缺漏，負起完全的責任。林耕仁也再次向校方、及社會大眾道歉。