具中國官方背景的「清華海峽研究院」，2016年4月起，在新竹的清華大學違法成立在台分支機構「新竹辦公室」，從事技術研發、投資、攬才等任務，校方說該機構不屬於清大，也未曾知悉或參與運作。不過國安局證實確有此事，因為中國目前至少有60萬的半導體人才缺口。行政院長蘇貞昌則強調，台灣一定要處處防禦。

司儀說：「升格啟動。」為國立台灣歷史博物館升級揭牌，行政院長蘇貞昌看起來心情不錯，但一提到有中共組織滲透清華大學，語氣立刻嚴肅起來。行政院長蘇貞昌說：「中國謀我日亟，國人同胞要知道我們的國家自已救，我們一定要處處防禦。」

因為有中國官方背景的「清華海峽研究院」，2016年4月起在清大成立在台分支機構「新竹辦公室」，地點就在校內的創新育成中心5樓，但事前沒有通報主管機關並獲得許可。國安局副局長陳進廣說：「本局跟各國安單位，以及各相關的情治部門，在開始的時候都有所掌握，確實有一些沒有按照程序去辦理的問題。」陸委會主委邱太三說：「8月跟10月份的時候，大概也有接到相關的訊息，那後續我們會協助教育部，來對這個問題來做這樣一個釐清。」

新竹辦公室等同違法設置，如今中共組織大剌剌進入台灣的大學校園，從事技術研發投資和招攬人才，與竹科更只有一街之隔，就怕台灣護國神山群的高科技機密和菁英，全被掏空挖角到中國。國安局副局長陳進廣說：「中共目前非常缺乏，有關於半導體相關的科技的人才，目前在這個相關人才的缺口上面，至少就有60萬的缺口。」

清大書面回應說清華海峽研究院，是向自強基金會轉租在學校的空間作為辦公室，該機構不屬於清大校方也未曾知悉或參與運作，自強基金會也表示即日起中止租約，而教育部8日則要求新竹辦公室，立刻停止運作即刻撤離，並將依照兩岸條例規定處以最高50萬元罰鍰。