週日晚間林佳龍在臉書表示，已向總統和行政院長請辭，會在搶救的工作暫告一段落之際，不戀棧職位、負起完全責任，辭去交通部長一職，一早林佳龍再度到事故現場視察，隨後也面對媒體鏡頭說明，不過國民黨立委不買帳，更要求行政院長蘇貞昌一起下台負責。

前一天晚間在臉書上表示，會在搶救工作暫告一段落之際，辭去交通部長一職的林佳龍，上午九點多再到太魯閣號事故現場，交通部長林佳龍說：「我已經請辭那負責任，除了負政治的責任，也負能夠善後的責任。」而在離開交通部長職位前，是否會任命懸缺至今的台鐵局長，交通部長林佳龍說：「我已經是請辭中那我已經負起責任，有關人事的部分我們會尊重就是，就是新的人事安排。」

交通部會進行行政檢討，另外檢察官和運安會，也會針對軌道上方的工程進行調查，國民黨團在週三的交通委員會，則將提出成立調閱小組來調查，立委(國)洪孟楷說：「我們合理的懷疑當天根本不是一個人，開著工程車到現場檢視工地那麼簡單，根本就是有預謀的要去現場趕班加工。」立委(國)費鴻泰說：「從總統府到行政院，到交通部到台鐵局螺絲都鬆了。」國民黨團怒轟政府殺人，要求行政院長蘇貞昌，一起下台負責。