國民黨為了反萊豬，除了在地方推動公投連署，立委們在立院也很努力。國民黨立委陳玉珍提案，因為我國邊境檢驗敏感度下滑，開放萊豬之後壓力又大增，要凍結疾管署預算1千萬元。但被民進黨立委反擊，這是文不對題。因為疾管署只管人的傳染病，而萊豬也不會有病毒。對此國民黨團總召費鴻泰則強調，民進黨不要轉移焦點，尊重立委監督。

萊豬開放進口已經24天，但豬都還沒到台灣，國民黨護食安動作不斷，不只在基層推動公投連署，立委陳玉珍也提案指出，我國邊境攔檢敏感度下滑，開放萊豬之後檢驗壓力倍增，目前的邊境稽查人力，恐怕不能落實逐批檢驗，所以要凍結疾管署一千萬預算，立委(民)許智傑說：「疾管署管的是人的傳染病，防檢局管的是動物的傳染病，國民黨竹竿裝菜刀，這種烏龍提案根本就是為反對而反對。」國民黨團總召費鴻泰說：「他們都是主管萊豬的業務，我想民進黨也不需要做過多的挑剔。」

疾管署主管人類傳染病，陳玉珍以萊豬進口為理由，凍結疾管署預算，引發爭議，陳玉珍也補充，希望衛福部在一個月內針對，邊境稽查人力需求狀況，向衛環委員會提出報告，同意之後才能解凍，立委(民)王定宇說：「現在正面臨武漢肺炎防疫最緊張的時刻，而這個時候，國民黨竟然去刪減凍它(疾管署)的預算，真的是擺明了台灣哪裡需要它就往哪裡砍。」國民黨團總召費鴻泰說：「替人民監督政府都是她的權責，民進黨它就是怕我們去逐案表決，故意說我們的案子好像有什麼問題，我覺得民進黨大可不必。」

萊豬進口會不會，對邊境稽查人力造成負擔，目前還是未知數，但刪除預算的正當性，已經引起論戰。