針對這起事件，交通部長林佳龍請次長王國材進駐華航3小時了解全案，並下最後通牒，要求華航今(25)日傍晚5點前對外說明，華航為止血，今凌晨懲處三人，最高層級是空品處副總邱彰信、記1大過，但次長王國材認為還沒調查清楚就懲處，太片面，並退回懲處名單，而關務署也開檢討會議要追究華膳空廚、保稅倉庫是否管理不善，另外吳宗憲以信用卡刷了645萬，業界推測可能採「溢繳」方式刷卡，負責的玉山銀卻沒有依法通報調查局恐怕也有疏失。 交通部次長王國材週三下午來到華航總部了解走私菸品案，發現六年來華航幫忙走私三萬三千多條菸，到底哪時開始這樣的陋習，交通部要求華航今天五點前對外界說清楚，包括原由是什麼哪時開始、一直到現場以及怎麼改正。 為止血，華航在深夜火速開鍘，包括空中用品部副總，立委邱議瑩的弟弟邱彰信被記一大過，空品部協理于堯及高淑娟各記兩小過，不過王國材退回懲處名單，要求調查完畢再說，查走私菸不只交通部動起來，財政部關務署也開檢討會議，要追究華膳空廚保稅倉庫管理不當的責任，至於少校吳宗憲拿玉山銀行信用卡刷了645萬買免稅菸，金管會認為，很有可能是信用卡溢繳，也就是先把錢存進信用卡帳戶內，但一天溢繳金額超過50萬以上依規定須通報調查局，玉山銀行恐怕難逃責任，私菸風暴燒超過三天了，各機關才動起來追查，能查到哪可查多深，各界都緊盯關注。