劉兆玄閃電下台，吳敦義出任閣揆，政壇大地震也引出各種陰謀論，有傳言內閣總辭其中轉折，是因為府院對改組幅度有落差，更傳出總統府早就在尋覓新閣揆人選，導致馬劉嚴重失和，陰謀論越傳越離譜，總統府上午臨時召開記者會澄清，強調所有人事安排，都是馬劉一起討論，達成共識的決定。 　　

見了老長官蕭萬長，走出總統府的劉兆玄臉上帶著笑，看起來心情很輕鬆，但蕭萬長卻神情凝重，對於劉兆玄請辭不捨全寫在臉上，因為劉兆玄為風災負責下台，似乎原本不在計劃當中，內閣怎麼改，府院真的有共識嗎，劉兆玄八月中向馬總統口頭請辭，不過在九月一號時，劉兆玄公開表示改組立場是比「小幅稍大一些」，但九月三號，馬總統就向吳敦義徵詢出任閣揆意願，有人說馬總統當時就決定準備換閣揆。 　　不只如此，還有傳言，由於劉兆玄傾向力保邱正雄，內閣小幅改組，但馬總統卻希望由歐晉德出任副閣揆，內閣大幅改組，馬劉意見分歧，最後演變成內閣總辭，各種陰謀論也不脛而走，馬劉是不是真的不合，總統府一次澄清，不論如何，劉兆玄已經確定走人，不戀棧職位，也替他的下台，留下漂亮身影。