馬總統在接見陳雲林之前，也召開記者會，語氣激動表示，政府絕對尊重合法集會遊行，但一定要和平理性，台灣是多元社會，大家都有言論自由，他是以總統身份接見陳雲林。

　　總統府上午十點臨時召開的記者會，馬英九總統就開宗明義的說，台灣的前途當然是由台灣人民決定。針對前兩天集會遊行發生的肢體暴力衝突事件，馬英九總統先是喝了一口茶，企圖緩和情緒，但仍難掩激動。馬英九總統最後呼籲民進黨，要遵守集會遊行法，杜絕暴力。

　　短短半個小時，馬英九總統解答民眾的疑問，同時清楚表達自己的看法，而海基會也針對民進黨的暴力抗爭，發表嚴正的譴責。