就在釣魚台撞船事件的這個敏感時機，卸任副總統呂秀蓮，剛好結束訪日行程，傍晚返抵國門，主動談到這次釣魚台撞船事件，呂前副總統主動透露，他訪日期間也為聯合號事件盡了心力。

　　呂前副總統也為駐日代表許世楷打抱不平。認為許世楷在任期之內真的做了很多事，最後鬧得國內有人罵他台奸，甚至最後辭去駐日代表一職，他表示相當遺憾。打抱不平之餘，也沒忘記暗諷馬政府處理保釣事件不夠冷靜也不夠專業。