因為兩組總統參選人，登記的時間只差一個小時，警方動員了超過四百名警力加強維安，就是擔心兩邊的支持群眾，因為距離太近發生衝突。同時兩黨候選人登記之後，接下來的維安工作，將正式由國安局特勤中心來接手。
　　
　　從早上開始，中選會大門戒備就相當森嚴，兩側大門由保安警察一字排開，過濾所有出入人車，同一時間，國安局特勤中心也直接進入中選會，勘查兩組候選人，到時候會行經的路線。

　　十點十五分，馬英九蕭萬長先到達中選會，搭乘自己平常的座車，由台北市警方負責維工作，一行人進入中選會之後，場外的維安開始進行交接，因為在正式成為候選人之後，維安工作將正式由國安局接手。

　　馬英九步行走出中選會，這時候身邊被特勤人員重重包圍，離開中選會的座車，也改由國安局提供，從這時候開始，正式成為總統候選人。

　　民進黨的謝長廷和蘇貞昌，登記的時驗和馬英九錯開大約一個小時，兩邊人馬避免正面交鋒，也避可能發生的衝突。同樣國安局的防彈車，也在一旁隨時待命，提供給正副總統候選人。藍綠雙方選在同一天早上，動員的超過四百名警力，讓兩組參選人順利登記，大選也正式起跑。(楊舜欽 彭志華)