離島也是藍綠必爭之地。澎湖縣這次代表藍軍的是現任立委林炳坤，對上長期在地方經營。曾經競選縣長拿下49%選票的陳光復，是兩位老將之爭。至於金門縣，向來藍營支持度遠大於綠，但這次六搶一，參選大爆炸，讓選情多了變數。

　　一邊是代表藍軍爭取五連霸的無黨籍立委林炳坤，一邊是兩度代表民進黨參選澎湖縣長失利，但曾拿下49%選票的陳光復。老將對老將，讓向來是藍軍票倉的澎湖縣，這回難分勝負。

　　在澎湖設立酒廠的陳光復，長期經營尋求選民認同，讓對手林炳坤不敢大意。不過，這回還有違紀參選的國民黨籍候選人歐中慨來瓜分票源，也將衝擊澎湖縣選情。而同樣是離島超級戰區的，還有金門縣。

　　當了六年立委的吳成典，在藍贏過半的金門要再次尋求連任，而這回他的首要對手是年僅31歲的唐惠霈。

　　靠著小小一台宣傳車穿過各鄰里，唐惠霈自己兼駕駛，到處登門拜票。雖然是政壇新秀，但唐惠霈頂著台大法律系高學歷，要挑戰老將吳成典，小三通是藍綠主打政見。

　　金門縣這回選戰六搶一，除了國民黨和民進黨之外，其他四位候選人都是深藍背景。不過，預估還是藍綠兩大黨之爭。只有5%支持度的綠營，要搶攻過半的藍軍選票，票數能不能成長，可以看做總統大選前，金門民眾對民進黨七年執政的總體檢。