台北市長特別費，也傳出私人發票報銷事件，市長辦公室前秘書余文從九十二年一月開始，到今年六月份，陸續以私人大金額發票，幫市長核銷特別費，市府初步調查，認為秘書只是便宜行事，沒有半毛錢，落入私人袋。

　　台北市長馬英九，一個月三十四萬的首長特別費，怎麼核銷？依照規定，一半不需發票，直接匯入市長帳戶，只需領據即可。至於需要發票的另一半，一般是由承辦人員，先墊付，再拿發票或收據請款，這次問題就出在，請款過程中，拿的不是實際消費的發票，是湊足一定款項，拿私人無關的發票去請款。台北市政府二度召開記者會，首先澄清，沒有半毛錢，落入個人口袋。

市府是在配合檢調調查馬英九特別費過程中，意外查出余文拿個人發票報帳，調出92.1到95.6，四十二個月之間，三千七百五十四張發票，逐一過濾，果然查出約九十張，名目不符的發票，金額大約八十萬元。 市府十月底就發現異樣，十一月十三日完成調查，並將報告送交檢調！也就是說，馬英九被約談當時，檢察官已經掌握相關案情！

原本只是配合檢調，追查特別費，不需發票的一半，沒想到卻查出案外案，連需要發票的另一半，也出現問題 為此台北市秘書長李述德，市長室主任鄭安國都自請處分，同時鄭安國甚至自動請辭，幕僚緊急滅火，設立防火牆，就是希望不要延燒到馬英九。