國務機要費案偵結起訴第一夫人之後，前中研院長李遠哲越洋正式發表公開信，語重心長建議陳總統慎重考慮去留，為政壇再投震憾彈。 　　國務機要費案偵結，總統夫人遭到起訴，陳總統也被指涉貪汙。遠在法國巴黎的李遠哲在九日晚上發表了一封公開信，呼籲陳水扁總統考慮去留問題。李遠哲在公開信中提到：「我所摯愛的台灣目前正遭遇嚴峻的歷史挑戰。紛擾全台的國務機要費案和檢方的起訴書正衝擊著台灣的社會。而這也是台灣進入民主時代以來最嚴重的危機。」 　　對於二千年時台灣人民願意支持政黨輪替，李遠哲認為這是當時人心思變，決心唾棄國民黨長達五十年執政所造成的貪腐黑金政治。李遠哲表示：「政黨是人類的集社，但是人類畢竟不是天使，所以不可能不犯錯，自然也就沒有不犯錯的政黨；自認為絕不犯錯的政黨，必然是說謊的政黨。」李遠哲接著說出重話表示：「兩千年政黨輪替的教訓告訴我們，在貪腐中不知悔改的政黨，必然會遭到人民唾棄。」「而目前國務機要費案起訴的公布，意味著台灣舊體制的改革和民主政治核心價值的建立正遭遇嚴峻的挑戰，而這個挑戰讓台灣的政府、執政黨和人民被迫站在歷史抉擇的十字路口。」李遠哲沉重的呼籲陳總統和執政黨必須在「小我」和「大我」、「政黨」和「國家」之間，做出正確的抉擇。並且誠懇建議陳總統有必要慎重考慮去留的問題。 　　李遠哲最後語重心長的說：「正確的道路不一定是坦途，反而往往是充滿荊棘、崎嶇難行的道路，但那也是唯一一條值得台灣和我們後代子孫開闢的道路。」 　　回顧曾在兩千年總統大選投票前夕，發表文章、告訴人民要「向上提升，不要向下沉淪」的前中研院院長李遠哲，被視為當時促成政黨輪替的觸媒；陳總統當選之後，李遠哲組成國策顧問團，跨刀出任跨黨派兩岸小組，一路相挺，為陳水扁鋪路；但是李遠哲卻顯得愈來愈無力，聲音愈來愈小，不過現在對於台灣究竟應該往哪個方向走，李遠哲心裡面似乎已經下了決定，也不再選擇沉默。