陳總統週日即將出訪南太平洋，卻在此刻傳出新變數，由於原本規劃空軍一號擔任總統專機，並且過境美國屬地關島，但空軍一號上漆有中華民國國旗，引發美方疑慮，要求陳總統改搭民航機，外交部表示，正持續與美方溝通，至於是否向華航調度飛機備用，相關單位不願證實。

　　這是去年一月，陳總統出訪帛琉，搭乘民航機，順利過境美國屬地關島，但這次陳總統南太之旅，卻破天荒選擇空軍一號，擔任總統出訪專機，機身漆有中華民國國旗，引發美國高度關切，傳出已經拒絕空軍一號降落，要求陳總統改用民航機。

具有明顯主權象徵的空軍一號，如果降落美國領土，是外交上一大突破，駐美代表處正與美方持續溝通，萬一協商失敗，是否緊急向華航調度飛機備用，做最壞打算華航低調，只表示如有需要，隨時配合，只是總統週日就要出發，到底要坐哪架飛機都還搞不定，就看美方態度，外交部不排除道出訪前最後一刻，才會對外正式宣布。