這場驅離衝突，也引發行政院和台北市府的強烈對立。行政院抨擊台北市府無法有效制止群眾，今天更進而要求北市府，應該取消國親陣營的四一Ｏ集會。但馬英九說，批准集會遊行屬於地方自治事項，要行政院不要越權。 　　引發這樣的場面，到底誰該負責？國親陣營卻以「那不是我們帶出來的群眾」為理由，撇清收場責任。行政院聽了好火大，要求台北市府取消國親陣營的四一Ｏ集會。 　　事實上，早從昨天深夜，夾心餅乾馬英九就開始與中央展開三波角力。深夜十一點五十五分，內政部傳真公文，限時北市府凌晨一點前淨空府前廣場；但接著游錫堃又說，三點前驅離群眾。三波角力，馬英九單挑行政院，國親是扯後腿還是給後援，馬英九冷暖感受在心頭。