行政院海岸巡防署在今天（2月1日）下午正式掛牌運作，行政院長蕭萬長在主持首任署長的佈達典禮中指示海岸巡防署，今後要負擔起打擊海上犯罪，而在戰時也必須主動投入作戰體系，成為國防的一環。 　　在行政院長蕭萬長和新任署長姚高橋的共同揭幕下，直接隸屬行政院的海岸巡防署在下午如期掛牌運作將首顆印信交給姚高橋之後，蕭萬長說：「這象徵著國家的海洋工作邁入一個新紀元。」 　　而針對外傳海岸巡防署內部協調不易，各持己見的說法，署長姚高橋強調：「這些傳聞早己化之於無形，未來海岸巡防署不但要展現效率和專業，更要儘可能緩和兩岸的緊張關係。」