馬太鞍溪堰塞湖溢流造成嚴重死傷，但時至今日，地方與中央卻有2套作法，包含記者會及捐款帳戶都有2個，其中衛福部轄下的賑災基金會啟動公益募款，但現在有網友質疑，這些款項最終仍會流向花蓮縣府手中，對此，賑災基金會表示不會直接交付任何單位「任意運用」。

行政院長卓榮泰，今(28)日上午再度來到花蓮光復勘災，溢堤意外發生後，地方與中央遭質疑成「雙頭馬車」，昨(27)日花蓮縣府，在中央的記者會後一個半小時，又開了自己的記者會，遭現場獨立媒體質問為何各開各的，時隔一天還是一樣。

花蓮縣政府行研處長陳建村說：「那目前大家今天看到的就是我們兩位，那我們在今天深夜我們會做決定，再一次請大家體諒，災區的狀況是瞬息萬變。」行政院長卓榮泰說：「像每天10點跟5點的記者會，縣府也要派人來這裡出席，說明共同的狀況。」

不只記者會，就連捐款帳戶中央地方都有兩個，0923花蓮馬太鞍溪堰塞湖災害募款專案，這是衛福部轄下的賑災基金會所設立，但同時花蓮縣政府也有設立，重大災害民間賑災捐款專戶，雖然相關資訊在網站已經查不到，但據了解還是可以照常捐款。

兩邊都有捐款帳戶，就有網友質疑，捐給中央的資金最後還是會流入地方，卓揆這樣說，對此賑災基金會也回應，賑災基金會善款依「事實與需求」核實辦理，不會直接交付任何單位「任意運用」，地方政府協助統計與調查災情，如果善款是委由地方政府發放，本會還是會依據受災事實，要求地方政府檢具核銷。

災後不少政治人物，也紛紛捐款希望幫助災民，中央包含總統賴清德副總統蕭美琴，以及行政院長卓榮泰，都是捐到賑災基金會為多數，至於花蓮縣府的專戶，則有立法院長韓國瑜與副院長江啟臣，以立法院名義捐款，從記者會到捐款帳戶，地方中央各自動作，如何整合救災備受關注。