有民眾上網爆料，入住防疫旅館要退房時，被業者要求簽下同意把防疫補償金用來支付旅館費，質疑違反之前陳時中宣布的中央全額負擔防疫政策，屏東縣政府出面澄清，是防疫旅館業者誤解政策，會進一步溝通，不會讓隔離民眾自付住宿費。

日前YouTuber「光頭」因同事確診，被匡列隔離，他抱怨明明自己有透天厝能隔離，卻被強迫住進防疫旅館，還得自費花3萬2千元，讓他很不滿，之後防疫指揮官陳時中宣布去年12月14日到今年2月18日入住防疫旅館隔離的人，住宿費由中央全額負擔，不過，現在類似爭議又出現。

有民眾PTT發文，入住屏東防疫旅館將退房時，被要求簽下同意書，將抵扣防疫補償金用來支付旅館費，如果不足額還要另外清償，引發熱議，有網友酸屏東有自己的玩法，不過，遭質疑是不是逆時中，屏東縣府出面澄清，屏東縣政府交旅處副處長倪國鈞說：「防疫旅館可能誤解這樣的事情，請民眾簽署，造成的誤解府這樣有點抱歉，我們縣府會再跟中央，依照中央的規定辦理，所謂的全額補助。」

縣府表示民眾簽署的文件是之前縣府補助500元的部分，中央新政策上路後就更改了，會進一步與業者再說明清楚，不會讓民眾自己負擔。

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