這幾年來小琉球成為熱門景點，一年超過有一百萬人次來觀光，也間接造成島上生態被嚴重破壞，海底垃圾危害了綠蠵龜和珊瑚礁的生存，立委提案修正「發展觀光條例」，未來小琉球可對遊客收取「觀光保育費」，專款專用於風景區的生態維護及保育，也就是觀光客到小琉球可能還要額外被收取120元到200元的費用，也引發當地觀光業者議論。 每逢假日要到小琉球玩的遊客總是擠爆碼頭，要搭船的人大排長龍，這幾年來小琉球變成最夯的景點卻也因此傷痕累累，在海中浮潛強拉海龜、遊客圍住海龜追逐不讓海龜離開，還有人把綠蠵龜抓進塑膠桶有夠缺德。 酷似觀音像的天然珊瑚礁岩也被惡意破壞，下巴和鼻子都不見了，海底下一幕幕不為人知的景象，更讓人看了傷心。 大面積的魚網和垃圾纏繞包覆著珊瑚礁，可憐的海龜被繩索纏住，海底垃圾破壞了生態，最近立委提案修正發展觀光條例，交通部配合修正法令，草案中未來可能將會對遊客收取觀光保育費，專款用來維護和保育，也就是遊客來小琉球玩，可能被額外收取120到200元的費用。 民眾正反態度兩極，不過立法的本意是希望遊客多珍惜當地生態，使用者付費一起為環境多盡一分力。