中央流行疫情指揮中心從6月1日開始，在六都設置兒童疫苗大型接種站，但雲林縣、嘉義縣市、苗栗縣及南投縣，卻發生原訂要撥補的疫苗數量，被減少數量或「暫時不給」，讓縣市政府措手不及，因為學童打疫苗的計畫，已經安排下去，卻突然沒足夠的疫苗打，民眾罵翻，雲林縣更有議員怒轟「六都的孩子重要，非六都的孩子就不重要。」

各縣市陸續開打輝瑞BNT兒童疫苗，但非六都的縣市，卻接到中央通知，原本預計要配發的疫苗，要暫緩或砍半了，雲林縣長張麗善說：「5600(劑)本來就答應了，那我要怎麼突然沒有這些疫苗。」張麗善接到消息，心急又苦惱，中央原本預計要在5月30日調撥5600劑疫苗，卻臨時抽掉3300劑，只給2300劑，直接衝擊要給學校學童打的疫苗數量」

雲林縣長張麗善說：「在六都要實施快打站，所以疫苗就被調撥過去。」雲林縣議員黃文祥說：「不就是都市的小孩比較寶貴，我們雲林縣的小孩比較不重要。」雲林縣議員抨擊，中央心態，就像是六都的孩子是寶非六都的孩子像草，直呼不公平，南投縣的疫苗，則是原本預計要再撥補3000劑，結果整批取消。

南投縣民眾說：「這樣子當然不OK啊，因為南投縣的縣民也是有繳稅。」南投縣民眾說：「他們老是說要超前部署，可是部署的結果呢就是我們看到，就是疫苗分配得不夠然後要打又打不到。」苗栗縣的是中央要再給4千劑，後來在開打前抽掉1500劑，只給2500劑，縣府也直呼這樣會不夠；而嘉義市則是向中央申請撥補6100劑，5月30日臨時通知被抽單了，導致嘉義市還有4千劑的差額。

嘉義市民說：「疫苗不夠了還不發下來，還要變來變去變色龍。」嘉義市民說：「我是覺得政府這樣收回去不好啦，因為孩子六都以外的小孩也是要打疫苗，這樣對六都以外的小孩不好。」非六都的縣市，向中央申請撥補的疫苗，陸續被抽單，縣市政府很緊張，開始想辦法，向其他縣市借疫苗擋一擋，盡量不影響已經預約好的學童施打，但也希望中央疫苗，趕快把疫苗補齊。

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