台中和苗栗的民生用水將在4月6日，供5停2分區供水，引來在野黨立委質疑，為什麼不能供4停1，經濟部長王美花回應，要是只停一天，無法達到15%的節水效能。而針對藻礁爭議，大多由農委會主委陳吉仲出面溝通，被質疑撈過界，王美花表示，因為陳吉仲和環保團體的關係比較好。

農委會主委陳吉仲說：「你看中興大學。」，出席藻礁溝通平台座談會，農委會主委陳吉仲一度哽咽，但護藻礁公投對應的主管機關明明是經濟部，怎麼大多是陳吉仲出面溝通，被質疑農委會撈過界經濟部逃避責任，經濟部長王美花說：「吉仲因為一直是跟環團的朋友，有很好的關係良好啦，事實上昨天(3月30日)我們(曾)文生次長也有參加，所以並不是說只有吉仲，經濟部一定是執行單位也會來跟大家做溝通。」

另一方面經濟部將在4月初公布離岸風電區塊開發方案，但有歐盟官員呼籲台灣的離岸風電規則，不應該和WTO貿易規則背道而馳，國產化的要求也不應該不切實際和過度官僚，經濟部長王美花說：「遴選的部分相關的產業關聯性，都有開過70場左右的的說明會，我們不認為有違反WTO的規定。」

但目前全台水情亮起紅燈，4月6日起台中苗栗的民生用水供5停2分區供水，引來立委砲轟為什麼不能供4停1，經濟部長王美花說：「如果只有停1其實沒有辦法達到，這個停15%的這樣的一個節水效率，區域都是比較大，它如果管末端的話，你如果分兩次來停的話，事實上那個停了再回來，其實停的時間反而會更長。」

王美花強調分區供水不是片面宣布，事前有和地方政府溝通說明，中部也將設置緊急海水淡化廠，希望5月中就能運作供水。