有平面媒體報導，疾管署去年十月底，公開招標流感疫苗，但是價格都遠高於第一、二次招標價，其中第四次招標，賽諾菲藥廠的價格，高達八一五元，比起首次招標的價格貴上三點七倍，加上流感逐漸遠離高峰期，後續加購的疫苗會不會打不完？針對此事，指揮官陳時中回應，當時全球都在搶購，因此國際價格確實比較高，但台灣的價格已經比美國便宜。

還記得去年10月民眾搶打流感疫苗，就怕疫苗不夠，疾管署再向藥廠爭取最後追加的35萬劑，然而先前傳出南韓有民眾接種後死亡，讓民眾施打意願降低，這些後續加購的疫苗會不會打不完，造成浪費？面對質疑，陳時中特別在記者會中說明，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中說：「以去年的情況來看，1/21以後我們還需要還會打到將近53萬劑左右，今年我們還有45萬劑，所以新增購的疫苗，它並不會被浪費掉。」

平面媒體更進一步報導，說後續招標的疫苗，價格比起第一、二次招標採購價格，貴上3.7倍，懷疑採購案有許多疑點，陳時中也正面回應，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中說：「因為那時候全世界都在採購，都在搶購那一波裡面，一開始要搶購的價格是訂1200，最後我們跟他在議價降到1000塊，最後降到815塊，不管是整個的價格，我們還是比美國的價格要便宜很多。」

另外針對報導，藥廠也表示，後來台灣採購的疫苗的確和初期的不同，價格才會有異，賽諾菲巴斯德總經理Philip Ho說：「這批疫苗這是較新型的疫苗，採用最先進的科技和製程技術製造，此外，它的抗原濃度是傳統疫苗的三倍，這就是價格會比較高的原因，這批疫苗跟我們平常提供給台灣，和其他地區的疫苗是不同的產品。」

由於疾管署根據去年時程來看，下兩週到下個月，還會有一波流感高峰期，也提醒若是沒有施打疫苗的高危險群可以趕緊接種，希望可以將流感造成的死亡和重症機率降到最低。