所有人都關心敦睦艦隊的疫情調查，蔡總統也要求軍方坦誠以對。不過幾天下來，國防部和海軍司令部的發言以及回應，反反覆覆、前後不一，例如18號海軍副司令梅家樹說，官兵在帛琉全程有戴口罩，到昨日卻改口室外活動沒有戴，還有今(20)日上午國防副部長張哲平說，敦睦活動事前有經過中央流行疫情指揮中心評估，但下午卻又說只有在返航後，才請指揮中心做評估。 穿著黑色上衣的敦睦艦隊官兵，手揮舞著國旗，擔任啦啦隊炒熱氣氛，但沒有戴口罩；另外莒拳隊在台上賣力的表演，一樣沒有口罩。海軍司令部副司令梅家樹(2020.04.18)：「所以我們的官兵即使在帛琉所有的活動，我們都是要求要戴口罩。」海軍司令部副司令梅家樹(2020.04.19)：「表演活動的時候我們支隊，在那個時間點，參與的人員是並沒有攜帶口罩。」 軍方發言前後不一不只這一次，20號上午國防副部長張哲平，對於敦睦活動有沒有事先經過中央流行疫情指揮中心評估，也和海軍司令部說法不同。 國防部軍政副部長張哲平：「那在事前的話我們也依據，中央流行疫情指揮中心的指導，做過詳細的評估。」海軍司令部副司令梅家樹說：「其實我們當時是並沒有跟指揮中心，或是CDC(疾管署)這邊，有去做這方面的一個評估的工作。」 另外有立委針對，敦睦艦隊官兵在14號，還沒檢疫期滿就跑出軍營外買東西，軍方一開始也是駁斥，但隔了一天，海軍副司令又說，的確有人在14號就放假，事後才強調，是未輪值的官兵休假，疫情調查應該慎重嚴謹，國軍一再的說法反覆前後不一。