院內感染也是現在各國最擔心的事。東北亞疫情嚴重的日、韓兩國也都發生院內感染。日本大多數醫院紛紛公告暫時不收治新病人，還有限制探病，希望能減少病毒被外人帶進去的機會。至於南韓的院內感染又更嚴重，其中死亡病例最多的大南醫院，有醫護人員向媒體爆料，裡面的環境比其他醫院更惡劣，成了院內大規模感染的原因之一。 日本和歌山縣濟生會有田醫院2月13日一名醫師被確診武漢肺炎，引爆日本院內感染。他的同事也被測出陽性反應，其他醫師患者幾天內陸續中招，讓和歌山縣政府開始正視疫情。日本其他地區的醫院也都繃緊神經，像是因為鑽石公主號出現確診病患的沖繩。 那霸大濱第一醫院看護師：「只要院內出現確診患者，醫院機能就會受影響。」不少醫院決定不收治新病人，不開放或限制探病，減少病毒被外人帶進院裡的可能，但口罩等物資不足成了新的困境。山形縣立中央醫院人員茨木徹：「本院呼籲『每人每天用1個口罩』，目前還有兩個禮拜的存貨，之後如果供應延遲，兩週後口罩就沒了。」 物資不足也是2月4日起封院的南韓光州21世紀醫院碰到的困境，大量病患與醫護人員無法外出，病患還得丟紙條給記者求救。首爾日前新增幾名病例，也跟首爾一間天主教大學醫院院內感染有關。另外死亡病例最多的慶尚北道大南醫院，日前有醫護人員爆料，爆發群聚感染的精神科住院區，所有人竟是睡通鋪，門窗緊閉加上病人健康狀況不好，形同加快病毒傳播的速度。