國內武漢肺炎出現院內感染個案，中央流行疫情指揮中心要求醫院實施分艙分流，長庚醫院也在入口處，以健保卡查詢旅遊史，只要在14天內，有前往旅遊疫情建議國家的民眾，都暫緩就醫、檢查或探病，按照疾管署的院內感染處置建議，只要出現兩名以上的接觸者陽性個案，不管是病房或急診，都必須清空關閉。 急診處醫護人員：「她(病患)今天早上吐然後(發燒)39.6，去隔離室。」急診處成為防疫第一道關卡，病患進入醫院前，所有的症狀接觸史和旅遊史都必須仔細調查，透過分艙分流，盡可能將感染範圍縮小。 包括新光和馬偕醫院，針對有發燒、喉嚨痛、流鼻水、咳嗽的症狀，或是14天內有出國旅遊史的民眾，強制規定必須到急診或疫病門診，長庚醫院一般病房禁止探病，也暫緩在14天內，有9個國家旅遊史的民眾，到醫院探病就醫和檢查，亞東醫院則是禁止急診室探病，陪病者也只能有一個人。 台灣兒童感染症醫學會理事長李秉穎：「當我們有發生社區感染的時候，所有那些被接觸者都要被隔離，那到了醫院裡面，發生院內感染的時候，就是醫護人員要被隔離，這個是比較嚴重的事情，因為他會影響我們整體的醫療能力。」 北部某醫院已經有院內感染，根據疾管署的處置建議，當接觸者陽性個案出現兩名以上，病房就要清空關閉。前疾管局長蘇益仁：「不管你是封院封樓、封層，封某一層樓去給他做，其實是都很難像SARS一樣，做到幾乎100%的控制。」 原有病患一人一室，而急診室同樣也要清空關閉，誰都不希望走到封院這一步，但是該如何管控防堵院內感染，各大醫院都繃緊神經不敢鬆懈。