流感疫情持續延燒，讓醫學中心的急診被塞爆，衛福部醫事司副司長商東福表示，未來各縣市衛生局會每日監測，當轄區醫學中心加護病床待床數大於5床時，立刻啟動應變醫院機制，通知接收轉診患者；應變醫院主要分為A、B級，分別規劃20家、6家，當A級滿床時，就會轉往B級。 根據衛福部資料，目前10縣市、17家醫學中心有應變醫院，在北部方面，台北市台大、北榮、新光、國泰、三總患者可分流至台北市立聯合醫院和平、中興、仁愛、陽明院區與國軍松山醫院；新北市亞東、淡水馬偕患者可分流至新北市立聯合醫院三重院區、部立台北醫院、雙和醫院；桃園市、新竹市為領域的林口長庚患者，則有國軍桃園總醫院、部立桃園醫院、敏盛綜合醫院、台北榮總新竹分院可接收。 中部方面，台中市台中榮總、中國附醫患者可轉往中港澄清、部立台中與豐原醫院、國軍台中總醫院；南部方面，嘉義市嘉義長庚患者有部立嘉義醫院、嘉義榮民醫院可接收；台南市成大、奇美醫院患者可分流至部立台南醫院、高榮台南分院；高雄市高雄長庚、高榮、高醫附醫患者由國軍高雄總醫院與左營分院、高雄市立聯合醫院、部立屏東醫院、屏東基督教醫院分擔；東部方面，則是花蓮縣慈濟醫院有花蓮國軍總醫院可協助。