鴻海創辦人郭台銘指出疫情期間爭取疫苗採購受阻，原因出在政府堅持要在公開文件使用「獨立的台灣政府」。面對指控衛福部公布採購合約、意向書、捐贈合約等文件，上面的稱謂都是中華民國(台灣)衛福部疾管署澄清謠言，原本BNT原廠對稱謂都沒有問題，最後是新聞稿內中文部分提到「我國」兩個字，對方才希望修改我方改成「台灣」後，原廠卻再也沒有回應。

衛福部次長周志浩說：「那裡頭很清楚寫道，我們簽約這一方，是中華民國(台灣)衛福部疾病管制署。」疾管署大動作公開當初疫苗採購文件，亮出最初的採購合約到意向書以及捐贈合約，證明簽約方稱謂從頭到尾就是中華民國(台灣)，並依照時間序還原採購過程，周志浩表示早在2021年1月衛福部就已經和BNT原廠洽談疫苗採購，當時BNT對稱謂沒有意見，但表示公開新聞稿內中文部分「我國」2字需要更改。

衛福部次長周志浩說：「那我們就把它(新聞稿)調成台灣，希望這樣對你們(BNT)來講是好的，但是呢，之後就沒有接到他們的回信。」時間快轉到2021年5月29日，郭董在臉書表明要申請購買500萬劑BNT疫苗，6月12日衛福部核准專案輸入，6月16日BNT股東致函郭董表明，疫苗只能透過政府機關購買，台灣政府堅持在公開文件要使用「獨立的台灣政府」因此破局。

衛福部政次王必勝說：「先前的並沒有去討論到說，上面的這個簽約上面的稱謂，那稱謂大家也都看到了。」總統6月18日會見郭台銘針對疫苗捐贈計畫交換意見，6月19日採購小組成立，6月25日疾管署與永齡基金會完成意向書，7月11日完成捐贈合約簽署。衛福部次長周志浩說：「我們有些日期在跳，日期跳不是我們那時候沒有做事，因為我們那個時候在討論合約的草案，同時也跟對方的律師，在交換意見在談判。」疫苗爭議再起波瀾，疾管署拿出證據反駁指控。