對於李遠哲辭去中研院長職務，總統府晚間發佈新聞稿，表示李登輝總統將極力挽留李遠哲，總統認為，李院長留在學術界對國家社會的助益更大，個人發展也會更好，如果貿然投入複雜的台灣政治環境，是台灣社會的損失。因此在收到辭呈後，將盡力挽留。