針對民航局說，國防部當天曾進行演習，不過在空難發生前早就結束的說法，國防部晚間第三度發表書面聲明鄭重指出，國華航空發生空難當天，新竹地區陸，海，空軍以及海巡部部隊，都沒有在國華空難海域實施飛彈，火炮射擊。唯一進行的一次演習是戰車對陸射擊，彈道高不及一公尺。實施地點根本不在空難發生地點，而且演習時間早在五點五十分就結束。因此無論從靶場位置，射向，國華航空失事時間，地點，都跟陸軍基地訓練部隊的射擊無關國防部籲請外界不宜多做聯想。