李登輝總統已經同意二二八事件紀念基金會的建議，對受難者進行大赦，如果一切程序順利，立法院下個會期開議之後，行政院就會提出大赦的議案，這是我國行憲以來，第一次進行的大赦案。

根據二二八事件處理及補償條例規定，二二八事件紀念基金會可以呈請總統，對在事件中受死刑或有期徒刑以上或拘役處分者，進行大赦或特赦，而行政院在經過長期研議後，在五月底曾經建議總統對二二八受難者進行大赦，而總統已經原則同意，目前行政院已經作好完全的準備，只要等總統的公文一到，立刻可以進行大赦的程序。

根據目前行政院幕僚作業，這次大涉案將依照憲法程序進行，也就是在總統下達大赦指示後，行政院會將會進行討論，並且送交立法院進行審議，由於大赦不是法律案，因此只需要進行二讀，就可以由總統公佈，明令實施。

由於我國在行憲之後，就沒有進行過大赦，因此政府在處理這次大涉案，顯得相當慎重，而如果大涉案通過，曾經在二二八事件中，受到罪行宣告者，將宣告無效，也就是等於沒有犯罪，而如果沒有受到罪行宣告的，追訴權也將消失，因此基本上大赦，有為二二八受難者平反的意味，不過由於部份受難者家屬，認為他們的親戚當初並沒有犯罪，因此對進行大赦有不同的意見。

由於大涉案必須經過立法院同意，而立法院目前在休會期間，因此最快也必須等到九月，立法院下會期開議之後，二二八的大赦案才能正式實施。