第二輪台港航運談判、終於談出結果，並簽下協議。雙方代表在敏感、涉及主權的旗幟問題上暫時擱置、各讓一步，彼此不但保住面子，台港航商也得以保住利益、九七後、繼續正常營運。

談判原本預期中午就能談出結果，但還是拖到傍晚才達成共識。而爭議的焦點就在於旗幟。最後決定，在主桅禮貌旗部份，原本應掛地主國國旗，也就是五星旗和中華民國國旗。由於事涉敏感，所以雙方都暫不掛旗。至於船尾旗桿，今後香港註冊商船來台將懸掛特別行政區區旗。

而這次雙方所簽署的“商談紀要“，將從七月一號起正式生效。換句話說，台港航商也能在九七後繼續正常營運。談判結束後，港方代表立即搭機返港，我方人員則前往陸委會報告。