盛達輪昨晚抵達時，沒有懸掛我地主國的國旗，因而引發外界質疑。交通部次長毛治國表示，日落之後不掛旗、確實是國際慣例，而且這艘輪船、註冊地在兩岸之外的第三國，大家應該以平常心看待，這種境外轉運模式、才可長可久。不過學者卻認為，政府對大陸政策、還應更主動，從積極面出發，增加台港航運協商的談判籌碼。

對於盛達輪沒有懸掛地主國旗一事，交通部次長毛治國表示，日落之後不須懸旗，本來就是國際航運的慣例。他還表示，目前進出高雄港的船隻都是註冊地在第三國的船隻，所以把境外航運船都當成是外國船一樣處理就行了。外國船上大陸船員入境的問題，早就有法可循了。學者專家也認為，如果兩岸通航模式繼續發展，對大陸投資政策也應同布開放，才能相輔相成。

一般認為，以高雄為中心的試點通航，是踏入兩岸通航的第一步，政治意義大於經濟意義，政府如能立刻行動，開放更多口岸，對即將舉行的台港航運協商，也可增加我方更多的談判籌碼。