領海捕魚已經不是第一次，但是這次扣留第五十八正丸號漁船，卻是我國近年來對侵入領海捕魚的外籍漁船所採取少見的強硬措施。外交部次長程建人表示，將依照國際慣例辦理這件事情。

在與日本交流協會聯繫之後，外交部認為日方對於這件事的態度反應是相當尊重我國的司法制度。

而由於日本漁船進入我國領海魚區捕魚，明顯侵犯了我漁民權益，農委會強強調，依照漁業法，我方有權罰緩，外加沒收魚貨和漁具。至於會不會因此引起日方的報復，禁止進口我國外銷的魚貨，農委會指出兩件事不可混為一談，這次日籍漁船顯違反規定，我方採行嚴格取締有嚇阻的作用。