相較於我政府的強硬立場，南韓方面更可說毫不退讓。南韓駐華代表部下午表示，他們的立場是“絕不允許核廢料進入北韓“，南韓環保人士還派人來台傳達民間的反對聲浪。不過，我國民間團體也不甘示弱。

在接獲外交部的正式聲明後，南韓駐華代表部立刻轉知政府，但到目前為止還沒有得到南韓政府的任何評論。不過，南韓代表部發言人曹源明強調，這件事平和解決是原則，但南韓的立場十分堅決。南韓兩大環保團體之一“綠色聯合組織“的事務總長張元，下午也和另一名成員抵台，表達南韓民間的反對立場。陸續還將有南韓環保人士前來，要求我國在國內自行解決核廢料處置問題。他們在兩週的停留時間內，將採取絕食等行動來訴求。

而南韓民眾曾用燒毀我國旗的手段抗議，我民間團體愛國同心會、也到南韓駐台北代表部，以其人之道還治其人，燒掉南韓國旗以及金泳三總統的芻像，抗議南韓干涉我內政。

而被南韓指為“無法溝通“的北韓，對於南韓的介入頗不以為然，駐台北朝鮮簽證代辦處台北事務所所長楊智芳說，大前年北韓發生大水災，日本想要救助北韓渡過難關，卻被南韓指責，如今，北韓和中華民國雙方的事情，南韓也要插一腳，心態可議；楊智芳說，每天有關核廢料的相關報導，他都會和北韓相關單位報告，到目前為止，得到的訊息是絕不改變協議。