擁有「妖怪博士」之稱，創作出日本人氣動漫《鬼太郎》的已故漫畫家水木茂，迎來誕生100週年。製作方為了紀念這個特別的日子，推出全新電影《鬼太郎誕生：咯咯咯之謎》，由曾執導《劇場版鬼太郎：日本爆裂！！》的古賀豪再次擔任導演，並以《鬼太郎》第六季動畫為基礎，描述鬼太郎的父親「眼珠老爹」，為了找尋失蹤的妻子，與在血液銀行工作的水木，兩人在哭倉村相遇，也讓兩人的命運就此產生轉變。透過全新故事與畫風，為觀眾首度揭開鬼太郎誕生之前，眼珠老爹的神祕過去。

在2018年推出的《鬼太郎》第六季動畫當中，水木的故事曾經被簡單提及，但由於並未深入地詳細描繪，也在古賀豪導演心中種下種子，希望有一天能將他的故事呈現給大眾，而這次的100週年紀念電影，便成為實現這個願望的契機。

不過，因為水木茂過去的漫畫作品中，並未創作過鬼太郎誕生前的相關情節，因此劇組研究了他過去的其他作品，也特別參考自傳作品，以及用獨一無二視角刻劃昭和時代的書籍《漫畫昭和史》，作為本片的創作基底。同時，也鑽研了水木茂在昭和時代的生活背景，並將他的真實經歷融入本片當中。而即使本片以《鬼太郎》第六季動畫為基礎，但基本上還是屬於完全獨立的故事，就算沒看過之前的系列作品，也不會影響任何對劇情上的理解。

劇組認為昭和時代是日本電影的黃金時期，是日本電影受到世界關注的重要時間點，因此決定以「昭和」作為電影背景，並注入江戶川亂步、橫溝正史、夢野久作等推理與幻想文學的氣氛，建構出片中頹廢又可怕的世界。古賀豪導演對此分享：「在電影中，我們嘗試重現那時古老而美好的日本電影風格，而要透過動畫實現這點，是一項相當大膽的挑戰，但我認為結果滿有趣的。」

此外，本片也以「水木茂想描繪的事物」為前提進行創作，但由於昭和時代與現今的令和時代存在著差異性，因此劇組在思考過後，想像：「若水木茂生活在令和時代，他會想要描繪的事物」作為創作主軸。

古賀豪進一步表示：「在水木茂老師的作品當中，雖然描繪各式各樣的妖怪，但我認為他實際上描繪的並非是妖怪，而是人性。我覺得其吸引之處就在於，它描繪了人類的仇恨、愛情、業力，同時也呈現出人類應有的樣貌，又或是判斷善惡的準則。」因此，製作團隊打算推出一部更成熟、更成人向的《鬼太郎》，將人性的行為、醜陋與愚蠢展露而出，並傳遞「即使在這個殘酷到我們無能為力的世界中，仍然需要勇敢地對抗並活下去」。

精彩又有深度的故事，並集結人氣聲優們的豪華聲演，讓本片獲得廣大好評，不僅在日本上映首週勇奪新片票房冠軍，賣破億萬日元驚人票房，連續數週的票房更是不減反增，以驚人走勢節節上揚，甚至突破百萬觀賞人次，甚至連相關電影場刊與周邊都賣到斷貨，在在展現出本片令人驚豔的爆發性人氣。