偏偏爭議來了！台大校長的位子，管中閔都還沒坐上去，卻被人質疑坐的不夠正，因為他兼任台灣大哥大公司獨立董事，依照台大規定，他必須解除一切營利事業職務，才能走馬上任，管中閔隨即發表聲明，接任校長前會照規定，辭去一切營利事業職務。 事實上一月五號台大校長遴選結果勝出，管中閔隔天已經向台灣大哥大請辭獨董，連帶非營利基金會董事職務一併辭了，台大遴選委員會聲明，遴選過程中，皆採無記名投票，任一委員投票意向，皆屬臆測，而管中閔是台哥大獨董，而台大遴選委員之一，是台灣大副董蔡明興，也被外界質疑台大校長遴選沒有利益迴避。 台大遴選委員會聲明澄清，遴選過程中皆採無記名投票，任一委員投票意向皆屬臆測，何況台大校長遴選規定，遴選委員不得與候選人，有配偶、三親等內之血親或姻親，或是有學位論文指導關係，強調蔡明興擔任遴選委員，並沒有違反規定，台大訂定的回饋制度，台哥大聘請管中閔擔任獨董期間，每年應繳交五十萬元回饋金給台大。 校方也確認，台灣大哥大有按規定繳交回饋金，並無問題，堅持台大的未來不能只跟政府和學生伸手要錢，必須從自己做起，跟企業和校友募款，當選時自己和外人跌破眼鏡，上任後更得面對外界戴上更多放大鏡。