胡連會達成五項共識，府院高層第一時間召開應變會議，陸委會對外宣布，胡連共識有違法的嫌疑，副總統呂秀蓮，更是重砲批判連戰，不敢直呼中華民國，也不敢要求撤飛彈，而行政院長謝長廷和總統府秘書長游錫昆，也都跳出來強烈質疑連戰的立場。 　　胡連會國共達成五項共識，府院高層認定有違法之嫌，呂副總統更是以嚴厲口氣，痛批國民黨主席連戰，不敢傳達台灣真正聲音。氣憤的不只呂副總統，行政院長謝長廷與總統府秘書長游錫崑，更是對連戰表達強烈不滿。府院高層罵聲四起，胡連共識有沒有出賣台灣？有沒有涉及公權力觸犯兩岸人民關係條例？政府已經要求國民黨代表團，回國儘速提供會談資料，由司法單位介入調查。