持續追蹤這起爆炸意外的原因，外界一度懷疑，從馬祖運回來的傳統迫擊砲砲彈，沒有控制溫度和濕度的環控系統，所以運送過程，可能是沒注意降溫，不需要外力就會觸發；不過，國防部長邱國正強調，運輸上沒有問題，也不認為是人為毀壞，肇事主因還要再釐清。國防專家推測，有可能是尾部底火引炸，否則120迫擊砲的爆炸半徑很大，如果是彈體爆炸，加上又在彈藥庫，附近周遭，可能都會被炸平、無一倖免。

祥豐營區發生爆炸意外，國防部除了關心受傷士官兵的傷勢，同步也要釐清肇事原因；外界認為，是運送過程，沒有降溫。國防部長邱國正說：「存放在彈庫然後分批拿出來檢整，所以沒有那個在運輸當中的問題，但是當中有兩個人，正在傳遞當中出這種事情，所以我們要了解，但我並不認為是人故意去做一個毀壞。」

120迫擊砲威力驚人，這次意外引爆的迫砲服役已久，是台灣仿製改良自行生產的火炮，移動需要至少三人搬運。迫擊砲，120迫擊砲的爆炸半徑很大，如果是彈體爆炸又在彈藥庫，附近周遭都會被炸平；所以一度研判，應該是雷管出了問題。

國防戰略與資源研究所所長蘇紫雲說：「很可能是0號裝藥，也就是在沒有裝上C型發射藥的時候，就是底部的底火，跟這個0號的發射藥爆炸。」

專家建議，類似彈藥檢整，目前大多都是靠人工，有危險性，未來可以強化檢整人員的護具，開發機械手臂半自動化裝備，畢竟現在各地，都還有類似老舊彈藥，難保意外不會再發生。