繼之前屏東和台北發生打錯疫苗後，現在台南也有一名男子在11月中原本到指定醫院要打BNT，沒想到被打成高端，台南市議員「李鎮國」質詢時表示，被打錯疫苗的男子是，直到衛生局進駐診所後，才知道被打錯疫苗。

質疑市府是否想要封鎖消息，但是衛生局強調，事發當下醫院已經通報衛生所處理，並且勒令該診所，停止疫苗施打權，也對診所的疏失進行開罰，沒有封鎖的情況。

醫院過了營業時間，大門深鎖，但現在有台南市議員爆出這間診所，把人打錯疫苗，台南市議員李鎮國在議會質詢時，質疑台南市政府封鎖消息，不過衛生局這麼回應，台南市衛生局長許以霖說：「這不需要一直去爆這樣的事情，我們也有這樣的機制在處理這樣的事情，全國各地都有零星的少數個案，但我們都有在處理。」

衛生局長強調，在事發後已經勒令打錯針的醫院，停止接種服務一個禮拜，根據衛生局說法，10月20日男子到了某家醫院，預約了施打BNT，被打成高端後，第一時間已經向男子說明，並通報衛生單位關懷協助，不過針對打錯疫苗，民眾還是不能接受。

而衛生局表示，將會持續關心男子，身體是否出現不適，給予適當的協助，南市衛生局疾病管制科科長林曉玫說：「衛生所會再繼續追蹤，安排他接種第二劑打BNT疫苗。」衛生局也表示，將會加強督導醫療院所，工作人員接種時，必須落實三讀五對原則，避免類似情況再次發生。