台北市長柯文哲任職台大醫院外科創傷部主任時的研究助理劉如意，涉嫌拿不實發票向台大醫院核銷經費，涉犯偽造文書罪，經過台北地檢署調查後，劉如意坦承犯行，檢察官處予緩起訴，並要她繳交2萬元給國庫，全案經過高檢署再議後，檢察官認定緩起訴並無問題，駁回再議，全案確定。 這起案件劉如意原依涉犯貪污罪偵辦，不過全國教授反彈，最高法院刑事庭會議決議，公立大學教授並非法定公務人員身份，也不是授權公務員、委任公務員，所以不應該由貪污罪偵辦，經過檢察總長和檢察署開會討論過後，認定這些教授和研究助理們不具公務員身份，改以偽造文書等罪來審理。 當年市調處偵辦此案，柯文哲被傳喚到案，他訊後步出市調處，覺得自已被羞辱，還數度砲轟制度，批「白痴把國家搞成這樣，我自己來幹算了」。事後市調處把劉如意、柯文哲等人移送北檢偵辦，劉如意將所有責任一肩扛下，稱當時有告訴柯文哲，辦公室要買桌椅，只是沒有跟柯文哲說其他細節，當時她有發現文具店開立不實發票，曾問過文具店，結果文具店回「台大醫院其他部門都這樣做」，才會導致劉如意比照辦理。(翻攝網路)