慈濟在台北內湖的保護區土地變更案，也讓外界關心另一個議題，就是原來全台有不少寺廟所在地，並非合法的取用國有地。資深媒體人黃光芹就認為，因為長期以來選舉與宗教的共生關係，讓不少政治人物為宗教撐起保護傘，像是先前就有立委提案，宗教佔用國有地，超過五年以上就可以就地合法，黃光芹認為，這件事情非常不合理。 內政部現在又研擬，要放寬特定農業區變更，讓違規寺廟「就地合法」，就有學者認為，寺廟背後大多有政治勢力，是否因明年選舉將屆，讓內政部面臨壓力，對此，政府應該對外說清楚。