在判定違憲之後也引發了警方與人權團體的激辯，刑事局目前總計全台有一千兩百多萬筆的指紋檔案，已經成為破案的有力證據跟線索，涉及了個人隱私，不過各有各的考量，到底誰輕誰重，會不會進一步影響到治安。 　　一走進刑事局的檔案資料室，全台灣有一半以上的人指紋檔案全都放在這裡，密密麻麻算一算總共有一千兩百多萬筆，已經成為刑事局最大的資料庫，對刑事局來說指紋檔案已經成為破案的最主要關鍵，在刑事局每天就要比對一百多筆從各地送來的嫌犯資料，指紋已經成為法庭上最好的證據。 　　站在警方立場指紋建檔樂觀其成，不過對於人權團體來說，要全民負擔治安成敗，實在太沉重。之所以反對的理由是因為好人比壞人多的立場，只是目前刑事局的指紋檔案大多來自於前科犯，從民國九十年開始就連役男的指紋也不必列管，檔案資料庫能夠比對的範圍也越來越縮小，全民指紋檔案不能夠被建立，是保障個人的隱私權，不過背後也很有可能賠上昂貴的代價，犧牲了社會治安。