不只總統府三天前同樣位於博愛特區的國防部也發生相同情況，一名年約30歲的男子，輕易通過大門守衛憲兵，在國防部營區閒逛整整三十分鐘才被發現，負責博愛特區維安的憲兵202指揮部，軍紀不彰，立委痛批這不是螺絲鬆了，而是根本沒有螺絲。 　　

踏入國防部，憲兵立刻盤查，刷卡確認身分，螢幕立刻顯示才能放行，牆上監視器對準進出人員，看似嚴密管制卻還是大出包，竟然有人趁隙到國防部逛大街。 　　六月27號中午，陳姓男子趁著有車進入當做掩護，就這樣混進國防部，閒逛長達30分鐘才被軍官發現，移送憲兵隊處理，後頭這棟大樓，就是國防部長陳肇敏辦公室，好在當天假日沒有上班，指揮陸海空三軍的軍事重鎮國防部竟然防衛破功，負責維安的憲兵202指揮部，顏面盡失。 　　趕緊做出懲處，原本四號門只有單哨一名憲兵，立刻增加人力，三名守衛負責，有車進出互相支援，才不會再讓人趁隙跑進去，只是原本最嚴密護衛的博愛特區，總統府與國防部竟然相繼失守。