儘管三一九專案小組，當時經過一整年的搜索偵辦才結了案，但在野黨質疑，專案負責人是由陳總統任命的檢察總長，難免給人有政治力介入的聯想，對此，即將接任總長的謝文定說了，上任後將指派中立的特偵組重新調查，早日平息風波。

　　三一九調查報告到底是真是假？引起外界強烈質疑，要求重新調查，對此，即將接任檢察總長的高檢署檢察長謝文定表示，不排除指派特偵組，重新調查三一九。三一九專案小組，雖然是由檢警調攜手合作，但擔任最高指揮官的檢察總長，卻是總統任命，政治立場備受質疑。但未來最高檢特偵組是由立院同意的檢察總長，直接任命檢察官調查，不再需要向總統負責。

　　新修訂的法院組織法規定，涉及正副總統和立委的全國性選舉案件，要由政治獨立的特偵組來偵辦，因此未來特偵組提出的三一九調查報告，無論結果如何，在制度上將可免除外力介入的疑慮，平息政治口水戰。（記者尤淑嬿 葉子杰報導）