為了支援協助運送罹難者的屍體，台華輪也臨時更改了行程，凌晨搭載陽明海運提供的冷凍櫃，以及中華搜救總隊的機具前往澎湖。不過，由於貨櫃車車身太大，折騰了好幾個小時才順利出發。而最新的消息是，中科院的南部水下小組，一早也出發前往澎湖，協助打撈飛機殘骸。 　　中華搜救總隊的照明車，拖著新型的水上摩托車打頭陣，準備登上台華輪到澎湖，緊接著陽明貨運的冷凍貨櫃車，也跟著開進碼頭。台華輪連車帶櫃，共有十一輛貨櫃車，載的都是四十尺的大型貨櫃。工務小組趕緊測量貨櫃的高度，結果比限高四米二，還多出十公分輪胎放氣降低了高度，貨櫃車緩緩開進台華輪。 　　原以為順利過關，但是車頭進到裡面還是太高，輪胎氣一再放，已經到了極限，貨櫃車只好又退了出來。最後只好換了小拖車，折騰了近三個多小時才解決了問題，台華輪預計還要搭載一百多個棺木，協助運送死者回台。