高鐵增資案出現重大變數，為了填補高鐵資金缺口，行政院去年強力主導，要求航發會協助投資，但航發會受限規定只能投資航空業，就召開臨時董事會修改章程，投資高鐵四十五億，但台北地方法院做出裁定，因為決議過程出現重大瑕疵，因此裁定投資高鐵的四十五億元全部無效。

　　事情回到去年九月，台灣高鐵募集資金出現困難，而航發會在行政院指示下，要投資四十五億元的額度。但是問題來了，航發會的業務受限於只能協助投資航空業，而當時航發會就召開臨時董事會，把國家重大建設增加為捐助對象，而台北地方法院認為航發會修改章程的程序有重大瑕疵，投資四十五億無效。也就是說，瑕疵在於這場會議，當時擔任董事長的林陵三親自招集主持，而且，沒有依規定在董事會召開十天前通知全體董事。因位航發會沒有再提抗告，案子定讞後，航會投資高鐵的這四十五億元要如何善後，讓財務狀況岌岌可危得高鐵更是雪上加霜。（記者陳美喬 何孟倫報導）