民進黨立委范雲指控，黃國昌與民眾黨團，提案通案刪減「中央各機關及所屬」的預算，其中就包括中研院，她痛批黃國昌受惠中研院近10年，應該到中研院下跪道歉，中研院則罕見發聲明，擔憂業務費包含3千名約聘助理薪資，及各項研究設備維運經費，多名研究員也現身說法，擔心多年研究付諸流水，更怕台灣科研發展失去競爭力，而黃國昌則回應，都是合理監督刪減。

從生命、數理到人文社會科學，台灣最高學術機關「中研院」，進行各領域深入研究，但近來立法院審中央總預算，中研院相關經費恐遭大砍，研究員大呼真的不妥，中研院社會學研究所副研究員彭保羅說：「已經是很大的問題，因為這個中研院，對台灣經濟的競爭能力，很有貢獻。」

中研院民族學研究所副研究員劉文說：「大幅度的刪減，可能就會跟研究，原先設計的構想是完全不同的，那你的一個計劃，會不會因此而報廢。」就怕研究心血付諸流水，民進黨立委范雲點名，民眾黨立院黨團總召黃國昌，提案通刪「中央各機關及所屬」的預算，減列六成國外旅費，與出國教育訓練費。

立委(民)范雲說：「(黃國昌)我看你自己，受惠於中研院栽培你快十年，你先去中研院下跪懺悔還差不多。」不只教育訓練費，可能受到影響，中研院罕見發新聞稿，指出中研院業務費性質，不是只有作為機關行政庶務費用，還包含近3千位約聘助理的薪資，其中多為在深造中的年輕學子，預算刪除恐將嚴重影響他們的生計，人員出國參加學術研討進行田野調查，也都會因為刪預算面臨困境。

立委(眾)黃國昌說：「台灣民眾黨，我們所提出的通案性的刪除，都會按照歷年的慣例，按照行政機關他們的需求，來進行調整。」中研院植微所副研究員顧銓說：「國際參與一定有報告，那個報告也都是線上公開的，所以如果真的，立委他們要針對哪一些項目，去做刪減的話，那他們應該要提供更具體的理由。」研究員向在野立委請命，就怕對「中研院」這大刀一砍，受阻的是未來台灣科研的發展，而最後預算刪除與否，還待朝野持續協商。