民眾黨主席柯文哲因京華城案遭羈押，檢廉續追金流下，平面媒體再爆料，柯文哲其實是民眾黨資金的總操盤手，不只完全掌控民眾黨財庫，更不惜違背黨政軍退出媒體條款，以民眾黨資金投資媒體。對此，民眾黨回應，針對相關指控，都是拿錯誤資訊意圖混淆視聽。

立委(眾)黃國昌(9.20)說：「黨政軍退出媒體，還是不是民主進步黨的價值。」大肆批評黨政軍供養媒體，民眾黨一貫主張黨媒分離，但現在卻遭周刊爆料，黨主席柯文哲前腳批評，執政黨控制媒體打壓政敵，後腳卻用黨內資金投資媒體。

柯文哲前幕僚吳靜怡說：「一邊要民眾黨省錢，卻自己去看豪宅買商辦，另外一邊批評媒體跟政黨有關係，卻自己想要用民眾黨的資源投資新媒體，柯文哲心裡面想的跟做的完全都不一樣。」

周刊點名，今年5月柯文哲主動要求，核撥100萬元投資媒體公司，但卻被黨內人員發現，該公司財報早已虧損超過6000萬元，但柯文哲依舊執意創投，更強調要賭一把只管把錢匯給對方。不只投資標的親力親為，周刊還加碼爆料，民眾黨所屬的四大帳房，包括木可眾望新故鄉以及選舉結餘款，柯文哲5月更要求，每二個月報告一次。

民眾黨發言人吳怡萱說：「用檢廉人員的口吻，偵辦的角度來影射本黨，這也突顯民進黨執政之下，黨檢媒一體的共生集團，已經成為破壞台灣民主法治的根源。」柯文哲數度把民眾黨內帳目疑雲，推給會計師這回一來一往間，真相為何讓人更霧裡看花。