為了陸委會預算審查，藍綠在立法院也展開攻防。民進黨立委劉世芳和莊瑞雄帶著立委參選人吳音寧開記者會，猛打對手國民黨立委謝衣鳯刪減陸委會預算，結果謝衣鳯和國民黨立院黨團總召曾銘宗直接到場踢館，曾銘宗更表示即刻退出黨團協商。另外國民黨立委陳玉珍因為9月時海基會在金門辦台商投資活動，卻有18名台商受到中共壓力而無法參加，陳玉珍認為海基會失職，提案刪減陸委會補助海基會的4500萬預算。

彰化縣立委參選人(民)吳音寧說：「彰化縣第三選區的立委謝衣鳯，提案要凍結預算。」民進黨彰化縣立委參選人吳音寧，開記者會加碼猛打同選區對手國民黨現任立委謝衣鳯，日前提案凍結陸委會預算，彰化縣立委參選人(民)吳音寧說：「謝委員現在也來到現場了。」但鏡頭一轉謝衣鳯與國民黨立委曾銘宗，直接到場踢館。

立法院黨團總召(國)曾銘宗說：「我今天就不協商了，你們要開這個會，我今天就不協商。」民進黨立委莊瑞雄上前拍間安撫，但曾銘宗喊話，即刻退出政黨協商，立法院黨團總召(國)曾銘宗說：「朝野要進行預算協商前，他竟然把這個做為朝野的攻防。」藍綠雙方火藥味十足，但預算爭議，國民黨立委陳玉珍也另開戰場，立法委員(國)陳玉珍說：「陸客可以馬上到金門來觀光，我馬上可以撤案，金門的經濟因為沒有開放陸客，經濟全面性地受到影響。」

陳玉珍提案刪減陸委會4500萬預算，全因9月海基會在金門辦中國台商投資台灣活動，傳出中共威脅阻擋多名台商會長參加，後續18人不敢來台陳玉珍認為海基會失職，應該刪減預算綠營則反批，應該譴責中共打壓台商陳玉珍是胳臂向外彎，立法委員(民)莊瑞雄說：「該譴責該罵的是老共，是中國禁止他們回來啊，這個很顯然就沒有跟自己人站在同一邊嘛。」立法委員(國)陳玉珍說：「我覺得這個時代最不需要的就是扣紅帽子，然後我本人就是最不怕被扣紅帽子的那位。」適逢選戰關鍵時刻，中共介選甚至打壓台商，陸委會預算成了矛頭，立法院預算審查藍綠各自過招。