民眾黨總統參選人柯文哲，訪日時間，接受日媒專訪提到釣魚台問題，柯文哲表示，「台灣漁民不會是自己要爭這塊土地，而是希望能在那捕魚」，這讓國民黨質疑，是不是「棄釣魚台論」，侯辦就回嗆，釣魚台是中華民國領土，國家元首應全力捍衛，「沒有任何退讓」的空間。對此柯文哲回應，從頭到尾都沒有說要犧牲主權，自己的態度是，讓沒爭議的捕魚可以先做，有爭議的主權後面處理。

總統參選人(眾)柯文哲：「我們從頭到尾沒有說，要犧牲...主權嘛對不對？」急著喊冤，就是因為訪日期間，接受日媒專訪，談到釣魚台問題，柯文哲表示，台灣漁民「不會」是，自己要「爭這塊土地」，而是希望能在那「捕魚」，引起討論。

立委(國)曾銘宗：「國民黨想要，兩千三百萬民眾都想要，那塊土地，柯文哲市長，你真的國際常識嚴重不足。」立委(民)趙天麟：「釣魚台是中華民國的領土，台日之間我們有一定的協定。」藍綠難得有相同主張，都說釣魚台是中華民國的。

柯文哲的釣魚台論，這點侯友宜競選辦公室也大表不認同，發聲明回嗆，釣魚台是「中華民國」領土，國家元首應全力捍衛，「沒有任何退讓」的空間。總統參選人(眾)柯文哲：「你們那麼多年有去解決，蘇澳漁民的問題嗎沒有嘛，這個時候突然，哇...國家主權講一大堆，那你平常在幹什麼？」

反過頭嗆侯友宜，柯文哲也再解釋，自己的漁權優先論，總統參選人(眾)柯文哲：「當地(蘇澳)漁民抱怨說，他們到釣魚地區去捕魚，不是被驅趕就是被罰款，他們有說你有遇到日本政府高層，要跟他們拜託一下，有爭議的後面再處理，你要可以讓我們漁民先捕魚，先解決我們的問題，故事就這麼簡單，先解決我們漁民捕魚的問題，至於有爭議的問題再慢慢處理。」柯文哲極力澄清棄釣魚台論。